winbugs

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全然収束しない

昨日のwinbugs計算の続き。 昨日ODさんからのメールは、モデリングのことで要はプロセスを明確にした方が良いということでした。  これまでのモデルは間伐後の実生個体の増加減少を十把一絡げに一本の式で書いてしまおうという安易なモデルなのですが、当然実生個体はシカに食べられたりして減るし、明るいところはよく増えたりと、増加と減少のプロセスがあるはず。  ということで、増加、減少の両プロセスを隠れ変 […]

library(grid)でお絵かき

なかなか、納得のいかないまま、スライド作り。 さっさ作ってしまえば良いのに、こーゆー時に限ってはまってしまうものです。 ってことで、library(grid)のお勉強。 R2winbugsが返すbugsオブジェクトを使って作図します。library(grid)ってば、自由度はめちゃ高いですがなかなかに使い勝手が悪い。作図関数でも座標系の単位がデフォルトの状態で、npcだったりnativeだったりが […]

MCMCの樹海で遭難中

こないだ、サクッと通ったMCMC。 実は結果がどうしようもないことになってしまっていて、ほとんどが0周辺をウロンコロンしているわけで。 となると、間伐しても発生する樹木の個体数なんかには影響ないよーってことに。 いやこれは・・・・と頭をリフレッシュさせて樹種数に丸め込むと、なんとなく言い訳ができそう。 つまり、種の定着、発生と言った現象には、skyfactorとかシカが食べたり、なんていうことで説 […]

MCMCの神様が降りてきた

データ整理もなんとなく終わり、winbugsのコーディング。  どうせ今から苦労するんだし、とか思って、てきとーに初期値決めてwinbugsに投げたらなんと一発で通ってしまいました。  うれしさのあまり夜中にもかかわらず、つい奇声を発してしまった。    ま、結果は明日見るとして、この調子でトントン進めばどうにかスライドも今週中にできそーな気配っす。

Rコーディング

ひたすら、Rのコードを打ち込む一日。  とりあえず、今日書いたコードをさらしあげ。  forの多重ネストばっかで、すごくいけてない(つまり、すんごく遅い)けど、いろいろ考える気力がおきましぇん。  明日くらいからbugsコード書き始めたい。 [sourcecode language=’cpp’]library(R2WinBUGS) library(coda) library […]

東京HDR

東京出張の経緯をまとめ書きしてみました。お暇な方はどぞ。  一日目 統数研のMCMCセミナーに行ってきた。  二日目 S総研に行ってきた    今日は久しぶりの写真ネタ。 今回の出張には、K10Dも持っていったんですけど、新宿で三脚を衝動買いしてしまい性能を確かめるべく露出ブラケットしたものをHDRにしてみました。  使ったソフトは、qtpfstoolというHDR編集ソフト。ubuntuのリポジト […]

S総研に行ってきた

今日は、ODさんにいろいろ資料をもらうため、つくばへ。 S総研はつくばの中でも、なかなかへんぴなところにあるゆえ、公共交通機関で行こうと思ったら、なかなか大変。 特に田舎暮らしを経験(田舎の基準にもよるけど)したことのないような輩には相当しんどいです。今回もやはり農林団地なるところでバスからおろされ、途方にくれるハメに。GPS(正確にはWPT-201とX02HT)を手に辛気臭いとこをウロウロ。   […]

統数研のMCMCセミナーに行ってきた。

以前、予約状況が酷いという話をした統数研のMCMCセミナーに行ってきました。 実は、初めてだったりする統数研訪問なわけですが、今の場所に行くのは最初で最後になるのでせう。  内容としては、伊庭さんがMCMCの基礎的な話題(定理の証明とかギブスサンプラーって?云々)、kuboさんが階層ベイズとMCMCのコンビわざを仮想実験な話題云々。非常に濃密な時間を過ごさせてもらいました。  個人的に気になった点 […]

ラスタのバッファ解析用Rスクリプトを公開してみます。

昨日、仕込んでおいた計算は、無事に終了。ArcGISに頼らずにすみました。とりあえず初志貫徹。    というわけで、調子こいて関数化してみました。  まあ、わざわざGISでできる仕事をRで処理させるっつー人なんて相当マイノリティーじゃあるでしょうが、自学のためにもってことで。  ソースは↓においときます。拡張子はtxtになってますが、rに変えて使ってください。  circle_buffer.r 関 […]

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