MCMCの樹海で遭難中


こないだ、サクッと通ったMCMC。
実は結果がどうしようもないことになってしまっていて、ほとんどが0周辺をウロンコロンしているわけで。

となると、間伐しても発生する樹木の個体数なんかには影響ないよーってことに。
いやこれは・・・・と頭をリフレッシュさせて樹種数に丸め込むと、なんとなく言い訳ができそう。

つまり、種の定着、発生と言った現象には、skyfactorとかシカが食べたり、なんていうことで説明できるんだけど、個体の量的変化となると、レンジが小さすぎてそんなの入れても意味ない、ってなことをwinbugsは言いたいのだろう。

、とここまで行き着いたのが、昨日の話。

で、今日はスライドを鋭意作っていたわけですが、作っている途中にあることに気がつきまして。

種のあるなしレベルまでデータの質を落とすんであれば、それを樹種別にやってもいけるんでない??

つまり、種が出たか出ないかとゆー非常に単純な話に強引に持ち込んでいるわけなので、それをベルヌーイ分布で表せばいいのでは、と気づいてしまったのでした。
ま、この気付きには、単純にガウス分布をベルヌーイに変えてやって、元データをちょこっといぢればたいして時間はかかるまい、なる予断があったわけですが、MCMCの神様はイヂワルで、trapの嵐。

先日のやつは

「初期値、定義しとらんやんけ!!」

と怒られても、

「しょうがない、gen.initでてきとーにつくったるわ」

って感じでサクサクいってたわけですが、今回は「もーだめ~~~」と言ってるのか、どうかはしりませんがしょっぱなでtrap。今度は根こそぎ初期値入れて回すと最初は回りだすものの、途中であえなくtrap・・・・・

今度は、初期値操作で再チャレンジ。うちのメイン妖精さんがウンウンうなっている間、サブ妖精さんでこの文章を書いてたりするわけです。だが異様に時間かかってる・・・・

は~終わりが見えない。

1857追記
やっぱりだめ。計算は終わるものの、チェーンうまく絡みません。む~これがイバさんの言っていたマルチモーダルというやつ??
できないものは仕方ないので収束の悪い変数を減らして再々々チャレンジ。

人力モデル選択・・・・

1921追記
変数を1にまで絞るものの、やはりだめ。この時点で万策つきました。
む~ベルヌーイが固すぎるのかも。ま、一番の問題はデータが少なすぎるということなんですけどね。ここまでくるとあきらめるしかあるまい。

あ~半日ほどの努力が報われず。